En el año 1492 Castilla reconquistaría el reino de Granada, también expulsó a los judíos y abrió nuevos horizontes con el descumbrimiento del continente americano por parte del navegante Cristóbal Colón. Un año más tarde el papa Alejandro VI determinaría el reparto de las nuevas tierras descubiertas entre España y Portugal.

La habilidad diplomática de Fernando II le permitió recuperar las comarcas catalanas de Rosselló y Cerdanya en 1493 mediante el Tratado de Barcelona. También conquistó Nápoles (1505) y Orá, Bugia, Argel y Trípoli en 1510, y anexionó el reino de Navarra en 1513.

Se empezó a manifestar un periodo de recuperación de la economía catalana con un ligero aumento demográfico (31.800 habitantes en Barcelona en 1516).

En 1516, Carlos I, nieto de los reyes católicos, pasa a ser rey de Castilla y Aragón (Casa de Austria). Será el heredero de:

• de la reina Isabel II: Castilla, León, Granada, Navarra, Canarias y la América hispana.
• del rey Fernando II: Aragón, Cataluña, Valencia, Baleares, Nápoles, Sicilia y Cerdeña.
• de la reina María de Borgoña: los Países Bajos y el ducado de Borgoña.
• del emperador Maximiliano de Austria: Austria y el título de emperador del Sacro Imperio Romano-Germánico.

El rey Carlos llegó a Barcelona en 1519 para jurar las Constitucions de Catalunya y ser nombrado conde de Barcelona, recibiendo 250.000 ducados para gastos de su proceso de coronación como emperador, mientras que el reino de Castilla se negó a contribuir.

En 1530 se producen las primeras manifestaciones de bandolerismo en Cataluña, procedentes de aquellos sectores sociales que habían sido perjudicados por la sentencia de Guadalupe.

Durante el reinado de Felipe II se inició una nueva vuelta a la actividad comercial catalana a partir de la nueva ruta de los metales preciosos de Sevilla a Génova vía Barcelona, a pesar de la prohibición del comercio con América a consecuencia de las normas proteccionistas y monopolistas de Castilla.

El reinado de Felipe III supuso un inicio de malestar social, tensiones ideológicas y ciertos recelos e incomprensiones entre Castilla y Cataluña. Celebró unas cortes en Barcelona en 1599 que resultaron ser las últimas relaciones cordiales entre Cataluña y la monarquía, comenzando poco después los enfrentamientos entre la Generalitat y los lugartenientes del rey en el Principado, que no cumplieron algunos acuerdos y modificaron otros a su conveniencia.

Realmente el desencanto terminaría por provocar un divorcio castellano-catalán irreversible, que unido al problema del bandolerismo, desembocaron en una impopularidad de la monarquía, acrecentada durante el reinado de Felipe IV por la política de castellanización e integración de los reinos de la corona por parte del conde-duque de Olivares (1621).

En 1626 el rey fracasa en su intento de pedir a las Corts Catalanes la movilización de soldados y la aportación económica para las campañas imperiales y contra la Francia de Luís XIII. El malestar contra el monarca era evidente, más aún teniendo en cuenta que desde su investidura no había jurado las constituciones de Cataluña.

El malestar llegó a su punto más alto en 1640 con el establecimiento en Cataluña de un ejército mercenario de Felipe IV en guerra contra Francia.