L'any 1492 Castella reconqueria el regne de Granada, també va expulsar els jueus i va obrir nous horitzons amb el descombriment del continent americà per part del navegant Cristóbal Colón. Un any més tard el papa Alejandro VI determinaria el repartiment de les noves terres descobertes entre Espanya i Portugal.

L'habilitat diplomàtica de Ferran II li va permetre recuperar les comarques catalanes de Rosselló i Cerdanya el 1493 mitjançant el Tractat de Barcelona. També va conquerir Nàpols (1505) i Orá, Bugia, Alger i Trípoli el 1510, i va annexionar el regne de Navarra el 1513.

Es va començar a manifestar un període de recuperació de l'economia catalana amb un lleuger augment demogràfic (31.800 habitants a Barcelona el 1516).

El 1516, Carles I, nét dels reis catòlics, passa a ser rei de Castella i Aragó (Casa d'Àustria). Serà l'hereu de:

• de la reina Isabel II: Castella, Lleó, Granada, Navarra, Canàries i l'Amèrica hispana.
• del rei Ferran II: Aragó, Catalunya, València, Balears, Nàpols, Sicília i Sardenya.
• de la reina Maria de Borgonya: els Països Baixos i el ducat de Borgonya.
• de l'emperador Maximilià d'Àustria: Àustria i el títol d'emperador del Sacre Imperi Romà-Germànic.

El rei Carles va arribar a Barcelona el 1519 per jurar les Constitucions de Catalunya i ser nomenat comte de Barcelona, rebent 250.000 ducats per a despeses del seu procés de coronació com a emperador, mentre que el regne de Castella es va negar a contribuir.

El 1530 es produeixen les primeres manifestacions de bandolerisme a Catalunya, procedents d'aquells sectors socials que havien estat perjudicats per la sentència de Guadalupe.

Durante el regnat de Felip II es va iniciar una nova tornada a l'activitat comercial catalana a partir de la nova ruta dels metalls preciosos de Sevilla a Gènova via Barcelona, malgrat la prohibició del comerç amb Amèrica a conseqüència de les normes proteccionistes i monopolistes de Castella.

El regnat de Felip III va suposar un inici de malestar social, tensions ideològiques i certs recels i incomprensions entre Castella i Catalunya. Va celebrar unes corts a Barcelona el 1599 que van resultar ser les últimes relacions cordials entre Catalunya i la monarquia, començant poc després els enfrontaments entre la Generalitat i els lloctinents del rei al Principat, que no van complir alguns acords i van modificar altres a la seva conveniència.

Realment el desencant acabaria per provocar un divorci castellà-català irreversible, que unit al problema del bandolerisme, van desembocar en una impopularitat de la monarquia, augmentada durant el regnat de Felip IV per la política de castellanització i integració dels regnes de la corona per part del comte-duc d'Olivares (1621).

El 1626 el rei fracassa en el seu intent de demanar a les Corts Catalanes la mobilització de soldats i l'aportació econòmica per a les campanyes imperials i contra la França de Luís XIII. El malestar contra el monarca era evident, més encara tenint en compte que des de la seva investidura no havia jurat les constitucions de Catalunya.

El malestar va arribar al seu punt més alt el 1640 amb l'establiment a Catalunya d'un exèrcit mercenari de Felip IV en guerra contra França.