El gabinet sortit de les eleccions de febrer de 1936, presidit per Azaña, va prosseguir la reforma agrària, va restablir la Generalitat i va concedir autonomia al País Basc i a Galícia, però les faccions més radicals de la dreta i l'esquerra havien elegit ja la lluita oberta.

Els dies 17 i 18 de juliol del mateix any es produeix un aixecament militar iniciat a Melilla pels generals Franco, Mola, Goded i Queipo de Llano que va dividir Espanya en dos, ja que unes regions i províncies s'havien pronunciat contra el govern (nacionals) i d'altres li eren fidels (republicans). L'enfrontament d'ambdós fronts va desembocar en una guerra civil que va durar tres anys.

El 29 de setembre de 1936 la "Junta de Defensa Nacional de Burgos" nomena a Francisco Franco nou cap de govern i generalíssim dels exèrcits, mentre les potències democràtiques internacionals formen un Comitè de No-intervenció i Franco pacta amb els governs feixistes d'Alemanya i Itàlia perquè l'ajudin directament.

Desprès d'un intent pel control de Madrid, els nacionals fracassen davant la Junta Popular de Defensa recolzada per les Brigades Internacionals i la Columna Durruti, procedent de Catalunya.

El 1938 el govern d'Espanya es trasllada a Barcelona i els nacionals promouen una estratègia d'aïllament entre Madrid-València i Barcelona atacant les línies de l'Ebre, a les mans dels republicans. Un cop dividit en dos el terreny republicà, comença l'ofensiva sobre Catalunya que acaba a l'any següent amb la presa de Barcelona i Girona.

El 28 de març de 1939 les tropes nacionals entren a Madrid i es posa fi a la guerra. A partir d'aquell moment comença l'exili o presó de totes les personalitats destacades de la república, la liquidació del règim republicà i les seves reformes, l'il·legalització de partits, sindicats i associacions (excepte falangistes i carlins) i l'abolició de la Generalitat de Catalunya.

El setembre d'aquell mateix any, Hitler envaeix Polònia i comença la segona Guerra Mundial.